Les obres del canal d'accés ferroviari de València són unes de les més importants per a la capital valenciana. Eliminar l'actual platja de vies suposarà una fita que, no obstant això, no serà gens senzill de completar a causa de la complexitat del projecte. Entre altres coses, hi ha una gran quantitat d'aigua a pocs metres de profunditat, la qual cosa suposarà un desafiament per als enginyers.
L'escassa profunditat de la primera capa de l'aqüífer de València complicarà més si cap les obres del túnel ferroviari. Els estudis previs a la licitació de les obres del túnel, que es construirà a 23,5 metres de profunditat, recullen la presència del nivell freàtic a una profunditat d'entre 5 i 9 metres. Cal recordar que el canal d'accés ferroviari té uns 1.200 metres de longitud i permetrà eliminar el cinturó de vies des del bulevard sud fins al pont de Giorgeta.
Al principi, el túnel ferroviari s'anava a situar a una profunditat de 39 metres, encara que finalment la fonamentació dels murs del túnel del tren estarà a 23, 5 metres. Donada la gran profunditat a la qual s'ha d'excavar, l'aigua aflorarà quan es comence amb aquestes obres, per la qual cosa les constructores i enginyeries han de comptar amb això.
A València, el rècord de profunditat l'ostenta fins ara l'Estació de la Plaça del Mercat, considerada la més profunda de la ciutat i construïda en ple cor del centre històric a 32 metres (longitud equivalent a un edifici de deu plantes).
De tornada amb el projecte, la presència d'aquesta quantitat d'aigua ha obligat a compartimentar la construcció del túnel en deu recintes o trams, Segons recull el projecte d'Adif, aquests trams són de 100 metres de llarg per 50 d'ample, per a poder bombar l'aigua del nivell freàtic tram a tram, garantir l'estanquitat i construir amb garanties la fonamentació dels murs pantalla, evitant possibles filtracions en un futur. A més, per a acovardir l'aigua es construiran almenys sis pous de bombament a banda i banda del canal d'accés mentre es desenvolupen les obres.
Aquesta complexitat no és una cosa nova per a una ciutat com València, molt prop de la mar. En barris com Natzaret l'aigua aflora als 2,6 metres mentre en l'avinguda del Port les màquines es topen amb el freàtic a 3,17 metres. Per això, l'Ajuntament duu a terme cada mes mesuraments de la profunditat del nivell freàtic, una dada fonamental en la construcció de túnels, aparcaments i altres infraestructures subterrànies.
Unes altres de les qüestions a tindre en compte per a garantir la seguretat en el túnel és la necessitat de garantir el flux de l'aigua subterrània dels aqüífers de València. Pel fet que es preveu la seua interrupció durant les obres, el projecte constructiu del túnel preveu la construcció de pous i sifons per a extraure l'aigua i tornar a injectar-la en l'aqüífer per a evitar així oscil·lacions del mateix que puguen comprometre l'estanquitat del túnel.