El grup d'investigació d'Efectes del Mitjà (EFME) de la Universitat de València (UV) ha començat un projecte europeu PRACE, consistent a poder utilitzar milions d'hores dels supercomputadors més potents del continent, per a simular la reactivitat química de Mpro, la proteasa principal del SARS-CoV-2.
L'objectiu és obtenir informació que ajude al disseny de fàrmacs per a inhibir aquest enzim i, amb això, impedir que el virus es replique, segons ha informat la institució acadèmica en un comunicat.
Els investigadors utilitzaran de manera remota 12.000 processadors (un 7,3 per cent de la capacitat del supercomputador MareNostrum 4 del Barcelona Supercomputing Center-BSC) durant dos mesos i mig, amb tandes de deu simulacions alhora i un total de 23,3 milions d'hores de processador.
El projecte s'emmarca en la convocatòria especial 'PRACE COVID-19 fast' (Partenariat for Advanced Computing in Europe), un procediment extraordinari pel qual s'han posat a la disposició de les investigacions sobre la Covid-19 els supercomputadors públics més potents d'Europa, inclosos en la infraestructura europea PRACE.
"Estem estudiant, mitjançant simulacions computacionals, la proteasa principal del virus (Mpro). Aquest enzim actua sobre el complex proteínic que se sintetitza en la cèl·lula infectada i el talla en les diferents proteïnes que necessita el virus. Aquest enzim és fonamental en la replicació del virus i no presenta homòlegs íntimament relacionats en els éssers humans, la qual cosa la converteix en una diana terapèutica altament atractiva", ha destacat Iñaki Tuñón, catedràtic de Química Física de la UV i coordinador del grup, del qual també formen part Javier Ruiz-Pernía i Carlos Ramos.
L'equip compta amb el suport del servei d'informàtica de la UV, en concret, del seu tècnic Alejandro Soriano, per al desenvolupament del projecte. El projecte va començar aquest dimecres i el grup d'investigació disposa de dos mesos i mig per a dur a terme les simulacions.
Es tracta d'un estudi computacional que es realitzarà completament online a través de connexió remota al supercomputador del BSC, en el qual ja s'ha instal·lat el programari necessari per a l'estudi de la manera d'acció de la proteasa del virus.
"Una vegada tinguem els resultats de les nostres simulacions, les farem accessibles a tota la comunitat científica. A més, estem en converses amb el grup experimental del professor Hübner de la Universitat de Munic per a la possible validació de les nostres observacions computacionals", ha destacat Tuñón.
El grup d'investigació d'Efectes del Mitjà també ha sol·licitat finançament a través de la convocatòria de projectes COVID-19 de l'Institut de Salut Carles III.
MECÀNICA QUÀNTICA I DINÀMICA CLÀSSICA
El grup d'investigació d'Efectes del Mitjà de la UV està dedicat a la simulació computacional de processos bioquímics, en particular, a l'estudi de la manera d'acció dels enzims. Utilitza mètodes que combinen els principis de la mecànica quàntica i la dinàmica clàssica per a estudiar com els enzims acceleren les reaccions químiques que ocorren en els éssers vius, fent que tinguen lloc a velocitats compatibles amb la vida.El grup està format pels professors ajudants Javier Ruiz-Pernía i Lourdes Gracia, l'investigador Carlos Ramos i està dirigit pel catedràtic Iñaki Tuñón. A més, compta amb el suport del Servei d'Informàtica de la Universitat de València a través del tècnic Alejandro Soriano.